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NOTEBOOKS TUTORIAL SAGEMATH

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INSTALAÇÃO DE SOFTWARES CIENTÍFICOS

**João Marcello Pereira **

[email protected]

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PACOTES INICIAIS

$sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade $sudo apt-get install build-essential

OBS: É IMPORTANTE INSTALAR PRIMEIRO O ANACONDA ANTES DE INSTALAR OS OUTROS INSTALAÇÃO DO ANACONDA VERSÃO 2.X OU 3.X

download do conda para a pasta download

https://www.continuum.io/downloads

Abra um terminal e digitar:

$sudo chmod +x Anaconda-X.X.X-Linux-x86_64.sh $./Anaconda-X.X.X-Linux-x86_64.sh

feche o terminal, abra novamenten e digite:

$conda update conda

para remover, no diretório no qual se encontra o anaconda digite:

$rm -rf ~/anaconda

NÃO É NECESSARIO ROOT! Verifique se o pip está instalado:

$pip -help

Se nao tiver o pip instalado digite:

$sudo apt-get install python-pip

Alternativa ao anaconda

$sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython ipython-notebook python-pandas python-sympy python-nose

INSTALAR O JUPYTER

O Anaconda em sua nova versão ja vem com o Jupyter de forma padrão instalado. Caso não execute siga os passos:

Verifique se o python3 ou superior está instalado

$python3

Se nao tiver o python3 ou superior instalado digite:

$sudo apt-get install python3

Verifique se o ipython está instalado

$ipython

Se nao tiver o ipython instalado digite:

$sudo apt-get install ipython

instalar o jupyter:

$conda install jupyter

Para instalar os Kernels do Python 2 e 3

$conda create -n ipykernel_py2 python=2 ipykernel $source activate ipykernel_py2 # No Windows, remover 'source' $python -m ipykernel install --user

Se você estiver executando Jupyter em Python 2 e quiser configurar um kernel Python 3, siga os mesmos passos, substituindo 2 com 3.

INSTALAÇÃO DO JULIA

Via synaptic

digite julia e veja se mostra a versão 0.4.3 ou superior. Se não, instale via PPA

Via terminal

$sudo add-apt-repository ppa:staticfloat/juliareleases $sudo add-apt-repository ppa:staticfloat/julia-deps $sudo apt-get update $sudo apt-get install julia

Adicionando pacotes via terminal

$julia $julia> Pkg.add(“IJulia)

Se ocorrer:

Failed to execute "git ls-remote --tags --heads git://github.com/twbs/bootstrap-sass.git", exit code of #128 fatal: unable to connect to github.com: github.com[0: 192.30.252.130]: errno=Connection timed out

Isso acontece em funcao do firewall. Use:

$ git config --global url."https://".insteadOf git://

cuidado que é Of (“o” mesmo, não zero!) maiusculo.

se ocorrer o erro:

WARNING: ZMQ had build errors. - packages with build errors remain installed in /home/jmp/.julia/v0.4 - build the package(s) and all dependencies with `Pkg.build("ZMQ")` - build a single package by running its `deps/build.jl` script

significa que ha dependencia de algum recurso de compilação. Instale o CodeLite que resolve. Ou

$sudo apt-get update && apt-get upgrade $sudo apt-get install build-essential

Pacotes importantes

Julia>Pkg.add("Gadfly") :Graficos Julia>Pkg.add("PyPlot") :Facilitar graficos Julia>Pkg.add("Roots") : raizes e outras funçõs Julia>Pkg.add("Winston") : graficos Julia>Pkg.add("ODE") : equações diferenciais Julia>Pkg.add("Sundials") Julia>Pkg.add(“SymPy”) : para trabalhar com matematica simbolica no julia

Instalar pacote nao oficial

Julia>Pkg.clone("git://github.com/hwborchers/NumericalMath.jl.git") Julia>Pkg.init(“NumericalMath”)

INSTALAR O OCTAVE 4

Via synaptic

Digite octave e veja se mostra a versão 4 ou superior

Via console:

$ sudo apt-add-repository ppa:octave/stable $ sudo apt-get update $ sudo apt-get install octave

ou

$sudo apt-get install g++ gcc fort77 $sudo apt-get build-dep octave $wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/octave/octave-4.x.x.tar.xz $tar Jxvf octave-4.x.x.tar.xz $cd octave-4.x.x $./configure $make $sudo make install

Pacotes importantes:

via synaptic (VERSÕES IGUAIS OU SUPERIORES):

control | 2.8.3 symbolic | 2.2.2 linear-algebra | 2.2.2 optiminterp | 0.3.4 dataframe | 1.1.0 zenity *| 0.5.7 miscellaneous *| 1.2.1 specfun *| 1.1.0 general *| 2.0.0 statistics *| 1.2.3 odepkg | 0.8.5 splines | 1.2.8 io *| 2.2.4 struct | 1.0.11 optim | 1.4.1 strings | 1.2.0 strings | 1.2.0

via terminal para instalar o symbolic instalar o liboctave-dev e sympy download o pacote symbolic no http://octave.sourceforge.net/symbolic/index.html e usar o comando dentro do octave

octave: pkg install symbolic-xxx.tar.gz

usar um pacote (dentro do código)

pkg load pacote symbolic

para listar todos os pacotes instalados e ou carregados

pkg list

para a interface grafica do octave nao abrir quando for digitado octave no konsole, vá em /usr/bin/ e mude o nome do binario octave para octave-gui e duplique o arquivo octave-cli para octave, depois tem que alterar no menu do kde.

Instalação do kernel do octave para o jupyter

$ pip install octave_kernel $ python -m octave_kernel.install

Agora é só abrir o jupyter que vai aparecer no botão new o notebook do Octave

INSTALANDO O SCILAB

Via synaptic

Digite scilab e veja se mostra a versão 5.5 ou superior

Via terminal

$sudo apt-get install scilab

ou baixe o arquivo fonte e:

$ apt-get build-dep scilab $ ./configure # Note that the target 'all' is not building the localization except if you enable the option "--enable-build-localization" in the configure" $ make all $ make install

Instalação do kernel do scilab para o jupyter

antes, instalar o scilab2py

$ pip install scilab2py

depois

$ pip install scilab_kernel $ python -m scilab_kernel.install

Agora é só abrir o jupyter que vai aparecer no botão new a opção para criar um notebook Scilab

INSTALANDO O SAGE

SAGE NÃO FUNCIONA COM O PYTHON 3.X . PORTANTO, INSTALE O ANACONDA CORRESPONDENTE AO PYTHON 2.X

No Ubuntu, digite no terminal:

$sudo apt-add-repository -y ppa:aims/sagemath $ apt-get update $sudo apt-get install sagemath-upstream-binary

Para outras distribuições linux, siga as instruções do site (link). Obs: importante atualizar a biblioteca libgmp. Faça isso via synaptic Para iniciar, basta digitar no seu terminal:

$ ./sage -notebook

Instalar a partir de do arquivo .tar.gz (melhor opção):

baixar o arquivo sage-7.x-distro_xx.xx-x86_64.tar.bz2 do site http://linorg.usp.br/sage/linux/64bit/index.html no diretório /home/usuario. Depois extrair e atribuir controle total:

$ sudo chmod 777 -R SageMath

Acesse a pasta e execute:

$./sage notebook

ou

$./sage sage: notebook

Se ocorrer erro, use

$ sudo chmod 777 -R SageMath

para atribuir controle total sobre totos os arquivos e pastas do diretorio SageMath e execute novamente ($ ./sage). Se ocorrer novamente erro, o sage deverá executado com sudo, use:**

$ sudo ./sage

uma pasta .sage será criada no diretório /home, apague-a e execute novamente :

$./sage sage:notebook()

para rodar como servidor para outros poderem acessar via rede (ATENÇÃO PARA OS DETALHES: SÃO DUAS ASPAS SIMPLES SEPARADAS E O NOME INTERFACE NO SINGULAR):

$sage sage: notebook(interface=' ')

Para acessar o Sage de um celular, tablet ou outro computador, basta conectar à mesma rede do servidor (Com ou sem fio) e usar no navegador:

http://ip_servidor:8080

Para usar o sage no jupyter

sage: !sage -n jupyter

ou no terminal

$ sage -n jupyter “se o sage foi instalado via apt-get ou synaptics $ ./sage -n jupyter “se o sage foi estraído para uma pasta

Instalar pacote

Se estiver rodando a partir de uma pasta, entre na pasta do sage e execute:

$ ./sage -sh SageMath$ pip install nome_pacote

Se estiver rodando a partir de uma instalação pelo synaptics ou apper ou outros gerenciador de aplicativos, execute de qualquer lugar no terminal:

$ sage -sh SageMath$ pip install nome_pacote

Atualizar o Sage local

$./sage -sh SageMath$ sage --upgrade

INSTALANDO O MAXIMA E WXMAXIMA

Via synaptic

Digite maxima e veja se mostra a versão 5.3 ou superior e 15.04 para o wxmaxima

Via terminal

$sudo apt-get install maxima $sudo apt-get install wxmaxima

Instalação do kernel do maxima para o jupyter